Configure undersöker ditt system och ser efter vilka program/bibliotek du har och inte, och konfigurerar därefter en Makefile utefter dom uppgifterna. Så istället för att behöva tolka kryptiska kompileringsfel eftersom du saknar något bibliotek så kan configure spotta ur sig att du saknar, säg, "libpython-2.5".
Se länken som Gunne postade för att se hur det går till bakom kulisserna