- 1. Presentation av Folding@home och av Ubuntu Sveriges team.
2a. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 7). VERSION 7 REKOMMENDERAS! /ubot 2012-07-16
2b. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 6.02/6.34).
3. (ÖVERKURS) Konfigurera Folding@home-klienten för 64-bitars flerkärniga processorer.
4. (ÖVERKURS) Konfigurera Folding@home-klienten att använda grafikkortets GPU istället för processorns CPU.
5. (ÖVERKURS) Starta Folding@home-klienten samtidigt som du loggar in i Ubuntu.
6. (ÖVERKURS) Guide för att skapa ett skript som startar och stoppar klienten beroende på skärmsläckarens status.
7. (ÖVERKURS) Förklaring till team-statistiken (WU och Score).
8. (ÖVERKURS) Datorspelet Fold.it (inkl. Linux-klient).
1. Presentation av Folding@home och av Ubuntu Sveriges team:
Jag har skapat ett team som heter Ubuntu Sverige på Folding@home (http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/mai ... num=210289). Folding@home (http://folding.stanford.edu/English/HomePage och http://sv.wikipedia.org/wiki/Folding@home och http://www.youtube.com/watch?v=EZ1XuOgknuE) är ett projekt på Stanford university och som har för avsikt att datoranvändare världen över ska bidra med processorkraft för att hjälpa forskarna hitta förklaringen till svåra sjukdomar som Alzheimers, ALS, cancer, Parkinsons, cystisk fibros m.fl. I praktiken innebär detta att man laddar ner ett program från Folding@home som sedan körs lokalt på datorn. Programmet finns till Linux, Windows XP/Vista/7 och Mac OS X och Playstation 3. Programmet (klienten) använder datorns processor för att utföra beräkningar som hjälper forskarna att förstå hur fel i proteinernas utveckling leder till olika sjukdomar.
Om projektet ska fungera så krävs det att tillräckligt många datoranvändare är med och hjälper Stanfords forskare genom att ladda ner och köra Folding@home-klienten lokalt på datorn. Om tillräckligt många personer hjälper till så kommer "många bäckar små bli till en stor å" och Stanfords forskare får tillgång till en kraftfull "stordator" (http://sv.wikipedia.org/wiki/Distributed_computing). Hjälp Ubuntu Sveriges Folding@home-team med att forska om svåra sjukdomar!
2a. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 7):
1. Ladda ner fahclient, fahcontrol och fahviewer som deb-filer här: http://folding.stanford.edu/English/HomePage
2. Installera deb-filerna en i taget genom att dubbelklicka med vänster musknapp på deb-filerna i filbläddraren (filhanteraren). Klicka på deb-filerna i den här ordningen för säkerhets skull: 1. fahclient. 2. fahcontrol 3. fahviewer.
3. Se till att programmet GDebi visar installationsprocessen eftersom du måste svara på frågor under installationen av fahcontrol (användarnamn och team-nummer (Ubuntu Sveriges team-id är: 210289)). Navigera mellan alternativen med tangentbordet. Du hoppar framåt med Tabb-tangenten (och bakåt med Shift+Tabb). Markera ett alternativ med Mellanslag-tangenten och acceptera för att gå vidare med Enter.
4. Nu ska FAHControl vara installerat. Ev. så måste du manuellt starta FAHControl för att proteinvikningen ska sätta igång. Öppna programmet FAHControl och undersök programmets inställningar för fler alternativ!
2b. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu (FAH-version 6.02/6.34):
Här är en guide för hur man laddar ner, konfigurerar och använder Folding@home-klienten för att hjälpa Ubuntu Sveriges team att vika proteiner åt forskarna (http://folding.stanford.edu/English/LinUNIGuide)!
1. Öppna en Terminal.
2. Skapa en katalog som du döper till folding i din Hemkatalog:
Kod: Markera allt
mkdir $HOME/foldingKod: Markera allt
cd $HOME/foldingHur vet man om man har 32-bitars Ubuntu eller 64-bitars Ubuntu? Använd det här kommandot i Terminalen för att ta reda på om du har ett 32-bitars eller ett 64-bitars Ubuntu installerat: uname -m
Om svaret blir x86 (t.ex. 686 eller 386) så har du ett 32-bitars operativsystem och om svaret blir x86_64 så har du ett 64-bitars operativsystem. Ladda ner 32-bitars eller 64-bitars klienten beroende på vilket system du har installerat:
64-bitars Ubuntu:
Kod: Markera allt
wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.34-Linux64.tgzKod: Markera allt
wget http://www.stanford.edu/group/pandegroup/folding/release/FAH6.02-Linux.tgzKod: Markera allt
tar xzf FAH6.34-Linux64.tgzKod: Markera allt
tar xzf FAH6.02-Linux.tgzKod: Markera allt
chmod +x fah6Kod: Markera allt
./fah6 -configonlyKod: Markera allt
2102899. Starta Folding@klienten och börja vika proteiner:
Kod: Markera allt
./fah6 -verbosity 9Den första guiden visar hur man laddar ner, konfigurerar och kör Folding@home-klienten som unicore, d.v.s. genom att använda en av processorns kärnor. Om man har en flerkärnig processor och ett 64-bitars Linux så går det att köra Folding@home-klienten som multicore, d.v.s. använda mer än en av processorns kärnor till att vika proteiner. Fördelen är såklart att klienten använder mer av datorns CPU och därför arbetar effektivare. Nackdelen är att klienten kommer att belasta systemet mer och att mindre av datorns CPU blir över till datorns övriga funktioner.
Här är en guide för hur man konfigurerar Folding@home-klienten att använda multicore-läget istället för unicore-läget. Tänk på att det här kräver ett 64-bitars operativsystem och att man har laddat ner 64-bitarsversionen av klienten. Jämför stegen här nedanför med steg 7 och 9 i guiden "2. Guide för att installera Folding@home-klienten i Ubuntu.":
Istället för
Kod: Markera allt
./fah6 -configonlyKod: Markera allt
./fah6 -smp -configonlyKod: Markera allt
./fah6 -verbosity 9Kod: Markera allt
./fah6 -smp -verbosity 94. (ÖVERKURS) Konfigurera Folding@home-klienten att använda grafikkortets GPU istället för processorns CPU:
Använd grafikkortets GPU i Folding@home-klienten på egen risk! Windows GPU-klient är "unstable" och jag tar inget ansvar för vad som händer med ert system eller med er hårdvara!
Jag har testat att köra Windows GPU3-klient med mitt nVidia 8600 GT i Ubuntu 11.04 (i Unity) och det slutade med att grafikkortet blev väldigt varmt och hela Skrivbordet reagerade väldigt långsamt på input från tangentbordet/musen. Jag avbröt därför försöket. Det ska dock enligt uppgift gå att få Folding@homes GPU3-klinet för Windows att fungera i WIne i Ubuntu. Jag har gjort en guide som beskriver hur man använder grafikkortets GPU till Folding@home i Ubuntu. Guiden är mer eller mindre en översättning av den här guiden (http://linuxfah.info/index.php?title=Main_Page) från engelska till svenska.
Här är guiden som beskriver steg för steg hur man använder grafikkortets GPU till att vika proteiner i Ubuntu:
1. För att det ska gå att använda grafikkortets GPU i Folding@home så måste grafikkortet ha stöd för nVidias arkitektur CUDA. Kontrollera att ditt grafikkort finns med på den här sidan över grafikkretsar från nVidia som har stöd för CUDA: http://developer.nvidia.com/cuda-gpus
2. Aktivera ditt grafikkorts proprietära drivrutin i programmet Additional Drivers (Hårdvarudrivrutiner).
3. Om ditt grafikkort har stöd för CUDA och om du har aktiverat grafikkortets proprietära drivrutin så måste du börja med att installera Wine med det här kommandot:
Kod: Markera allt
sudo apt-get install wineKod: Markera allt
mkdir $HOME/CUDA && cd $HOME/CUDA && wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/3_0/toolkit/cudatoolkit_3.0_linux_32_ubuntu9.04.run5. Sätt exekveringsrättigheter på installationsfilen till CUDA Toolkit 3.0:
Kod: Markera allt
chmod +x $HOME/CUDA/cudatoolkit_3.0_linux_32_ubuntu9.04.runKod: Markera allt
cd $HOME/CUDA && sudo ./cudatoolkit_3.0_linux_32_ubuntu9.04.runKod: Markera allt
wine notepad.exe8. Därefter måste vi ladda ner två filer som "översätter" kommunikationen mellan CUDA i Linux och Windows. Filerna ska laddas ner till katalogen .wine/drive_c/windows/system32 i din Hemkatalog. Du laddar ner filerna med den här raden kommandon:
Kod: Markera allt
cd $HOME/.wine/drive_c/windows/system32 && wget http://www.linuxfah.info/wrapper-3.0/cudart/cudart.dll.so && wget http://www.linuxfah.info/wrapper-3.0/cufft/cufft.dll.soKod: Markera allt
ls -l $HOME/.wine/drive_c/windows/system32/cu*.soKod: Markera allt
ln -s ~/.wine/drive_c/windows/system32/cudart.dll.so ~/.wine/drive_c/windows/system32/cudart32_30_14.dll
ln -s ~/.wine/drive_c/windows/system32/cudart.dll.so ~/.wine/drive_c/windows/system32/cudart.dll
ln -s ~/.wine/drive_c/windows/system32/cudart.dll.so ~/.wine/drive_c/windows/system32/nvcuda.dll
ln -s ~/.wine/drive_c/windows/system32/cufft.dll.so ~/.wine/drive_c/windows/system32/cufft32_30_14.dll
ln -s ~/.wine/drive_c/windows/system32/cufft.dll.so ~/.wine/drive_c/windows/system32/cufft.dllKod: Markera allt
gksudo gedit /etc/ld.so.confSpara och stäng filen./usr/local/cuda/lib
11. Kör kommandot (fråga mig inte varför):
Kod: Markera allt
sudo ldconfigKod: Markera allt
ldd cufft32_30_14.dll
ldd cudart32_30_14.dll13. Skapa en katalog för Folding-projektet. Använd inte samma katalog som du använder för Folding@home unicore/multicore-klient. Det finns risk för konflikter. Kör det här kommandot i Terminalen:
Kod: Markera allt
mkdir $HOME/folding_gpuDock finns det en nyare version av Windows GPU3-klient på Folding@homes Download-sida här http://www.stanford.edu/~friedrim/Foldi ... XP-641.zip
Jag vet dock inte om den senaste versionen fungerar tillsammans med den här guiden. Jag rekommenderar att ni testar version 6.31 innan ni testar version 6.41. Så här laddar du ner klienten i katalogen folding_gpu:
Kod: Markera allt
cd $HOME/folding_gpu && wget http://www.stanford.edu/~friedrim/.Folding@home-Win32-GPU_XP-631.zipKod: Markera allt
cd $HOME/folding_gpu && wget http://www.stanford.edu/~friedrim/.Folding@home-Win32-GPU_Vista-631.zipKod: Markera allt
sudo apt-get install unzip16. Packa upp Windows-klienten:
Kod: Markera allt
cd $HOME/folding_gpu && unzip http://www.stanford.edu/~friedrim/.Folding@home-Win32-GPU_XP-631.zipKod: Markera allt
cd $HOME/folding_gpu && unzip http://www.stanford.edu/~friedrim/.Folding@home-Win32-GPU_Vista-631.zipKod: Markera allt
cd $HOME/folding_gpu && rm *.dllKod: Markera allt
nice -n 19 wine Folding@home-Win32-GPU.exe -forcegpu nvidia_g80Om allt fungerar som det ska så kommer Folding@homes GPU3-klient för Windows att köras genom Wine i Ubuntu.
Här är en guide som beskriver hur man installerar Ubuntu Server och sedan Windows Folding@home-klient i Wine utan att ha ett grafiskt gränssnitt (X11) på systemet: http://foldingforum.org/viewtopic.php?f=54&t=6793 (Tipstack till larsemil som postade guiden på IRC.)
5. (ÖVERKURS) Starta Folding@home-klienten samtidigt som du loggar in i Ubuntu:
Det finns minst två sätt att göra det här på. Jag rekommenderar den första metoden som innebär att man använder Ubuntus program Uppstartsprogram. Det andra alternativet innebär att man använder Uppstartsprogram tillsammans med ett skript.
Metod 1 bygger på att man lägger in ett kommando som automatiskt startar klienten i programmet Uppstartsprogram (Startup Applications). Du lägger till ett alternativ för automatisk uppstart i Uppstartsprogram och skriver in det här i fältet kommando:
Kod: Markera allt
bash -c "cd $HOME/folding && ./fah6"Kod: Markera allt
tail -f folding/FAHlog.txtMetod 2 använder Uppstartsprogram tillsammans med ett bash-skript för att starta Folding@home-klienten samtidigt som man loggar in. Så här gör du för att starta klienten m.h.a. ett skript:
1. Skapa ett skript som startar Folding-klienten:
Kod: Markera allt
echo "cd $HOME/folding && ./fah6 -verbosity 9 &" > $HOME/fah.bashKod: Markera allt
chmod +x $HOME/fah.bashKod: Markera allt
/home/användarnamn/fah.bashKod: Markera allt
tail -f $HOME/folding/FAHlog.txtKod: Markera allt
cat $HOME/folding/FAHlog.txt
6. (ÖVERKURS) Guide för att skapa ett skript som startar och stoppar klienten beroende på skärmsläckarens status:
Jag har gjort ett skript som startar Folding@home-klienten när skärmsläckaren är aktiv och som stänger av Folding@home-klienten när skärmsläckaren är inaktiv. Det här skriptet gör att klienten bara körs när inte någon sitter framför datorn och arbetar med något. Här är en guide för hur man använder skriptet:
1. Öppna en Terminal.
2. Skapa ett nytt dokument som heter folding_screensaver.bash så här:
Kod: Markera allt
gedit $HOME/folding_screensaver.bashKod: Markera allt
#!/bin/bash
# Script starts and stops Folding@home client depending on screensaver status. Script starts Foldin@home client when screensaver is active and stops Folding@home client when screensaver is inactive.
#Absolute path to Folding@home directory. The Folding@home client must be in the directory variable $dir.
dir=/home/användarnamn/folding
# Name of Folding@home client. Don't forget the (./) in front of the client name!
folding=./fah6
# Check screensaver status every minute.
while true; do
sleep 60
status=$(LC_ALL=C gnome-screensaver-command -q | grep -o "active\|inactive")
pid=$(pidof $folding)
# Start Folding@home client if screensaver status is active and fah6 is not already running.
if [[ "$status" == "active" && -z "$pid" ]]; then
cd $dir && $folding -verbosity 9 &
echo "Script started Folding@home client ($folding) at: $(date +%Y\-%m\-%d\ %H\:%M)." >> folding.log
checkfolding=yes
# Stop Folding@home client if screensaver status is inactive and if Folding@home client was once started by this script. Otherwise don't stop Folding@home client.
elif [[ "$status" == "inactive" && "$checkfolding" == "yes" ]]; then
kill $pid
echo "Script stopped Folding@home client ($folding) at: $(date +%Y\-%m\-%d\ %H\:%M)." >> folding.log
checkfolding=no
fi
done5. Spara och stäng dokumentet och Gedit.
6. Sätt exekveringsrättigheter på skriptet:
Kod: Markera allt
chmod +x $HOME/folding_screensaver.bash8. Lägg till ett nytt alternativ och lägg in den här raden under "kommando" i det nya uppstartsalternativet (ändra användarnamn till ditt riktiga användarnamn i Ubuntu):
Kod: Markera allt
/home/användarnamn/folding_screensaver.bashTesta om skriptet fungerar genom att logga ut och in igen och sedan sätta igång skärmsläckaren med tangentbordskombinationen Ctrl+Alt+L. Vänta 5 minuter och logga in igen så att skärmsläckaren stängs av och Skrivbordet kommer upp. Öppna filen folding.log i katalogen folding i din Hemkatalog. Om klienten startades och stoppades med skärmsläckaren så ska filen folding.log finnas i Hemkatalogen och innehålla information om när klienten startades och stoppades.
7. (ÖVERKURS) Förklaring till team-statistiken (WU och Score):
Jag tänkte jag skulle ge er lite information om hur Folding@home räknar ut statistiken. Statistiken på Ubuntu Sverige-teamets webbsida (http://fah-web.stanford.edu/cgi-bin/mai ... num=210289) visar WU och Score för alla användare (om man har ställt in nicket rätt med ./fah6 -configonly). Det är lätt att tro att den som har flest WU har höst Score men det ser man på statistiken att så är det definitivt inte. Istället är det på det viset att olika WU är olika mycket värda och hur många Score 1st WU ger beror på hur lång tid det tar att göra 100% på Folding@homes referensdator. Det finns mer information om hur Folding@home värderar olika WU i FAQ på Folding@home-sajten: http://folding.stanford.edu/English/FAQ-Points#ntoc3 Posta en kommentar om ni kommer på hur man väljer om man vill vika WU som ger höga eller låga poäng (tar lång eller kort tid)!
8. (ÖVERKURS) Datorspelet Fold.it (inkl. Linux-klient):
Information: http://svt.se/2.108068/1.2538391/datasp ... s-forskare
Fold.it webbsajt (inkl. Linux-klient): http://fold.it/
Vi får se hur projektet tar sig med tiden.
