För felsökning kan du prova att starta vlc ifrån en terminal och sedan öppna en avi för att se om du ser några felmeddelanden som vlc spottar ur sig i terminalen. Det kan nog vara en bra ledtråd.
VLC använder annars ffmpegs codecs (och några till) för att spela upp de flesta codecs som finns i en avi. Ubuntu main kommer med debian policy vad gäller hur ffmpeg får byggas med för codecs vilket är mer rigorös än unstripped-versionen av ffmpeg som du kan hitta i ubuntu multiverse. Har du ubuntus multiverse-repo aktiverad och ser till att du har unstripped-versionerna installerade istället för de vanliga ffmpegberörda paketen som jag antar installerar som standad så bör du ha stöd för fler typer av codecs i vlc.
I övrigt så är det nog så att du får börja felsöka som ovan.
VLC som finns i min repo (
http://philip.magicalforest.se) har stöd för några extra funktioner i vlc men inga som borde påverka här för dig. Min version är också patchad så att du har vlcs kontrollpanel och videofönster i ett och samma fönster som förr istället för två separata som standard är i ubuntu nu.