Virtualbox, Ubuntu och Python

[jonaseriksson]

Hej. Tänkte under helgen hjälpa min flickvän, som forskar på Typ-1 diabetes, att installera Linux på sin PC via Virtualbox för att kunna köra ett Pythonscript (detta: http://www.stats.ox.ac.uk/~davison/soft ... llfish.php)

Några frågor:

(1) Kommer jag stöta på kända problem med att få igång Ubuntu via Virtualbox?

(2) Kommer Python med Ubuntu och om inte är det lätt (och var) att få igång det?

(3) Hur kör jag ett script? Hon vill antagligen köra vid terminalen då det är sånt hon är van vid att göra tidigare, i R och sånt.. På scriptets sida står det att mna kör igång det så här:

Kod: Markera allt

./shellfish.py --pca --numpcs 10 --sge --sge-level 4 --maxprocs 200 --file yourfilename --out outputname

Är det UNIX månntro? Samma princip på Linux?

Tacksam för svar så det blir mer vetenskap och mindre teknikkrångel till helgen!

[Alleinsora]

Hej och Välkommen!

1. Mig veterligen fungerar Ubuntu utmärkt i Virtualbox.

2. Python är installerat som standard i Ubntu. Troligtvis är det således bara att följa installationsanvisningarna på sidan för att få igång det. Dock kan python-dev behöva installeras (klick på länken inifrån ubuntu startar "software-center" som frågar om du vill installera.)

3. Generellt sätt för att köra ett skript när man i terminalen står i rätt mapp är

Kod: Markera allt

./scriptnamn

Lägg märke till punkten. Det talar om "i denna mappen".
För detta skript verkar det dock krävas en del argument för att det ska starta. Listar vad de argument som står i exemplet talar om:
--pca talar om att en principalkomponentanalys skall genomföras.
--numpcs 10 Säger till skriptet att 10 egenvektorer skall tagas fram
--sge säger att det ska köras på en "Sun Grid Engine", vilket förmodligen inte är fallet för en PC.
--sge-level 4 processprioritet för SGE.
--maxorocs 200 säger att 200 processer får köras samtidigt. Förmodligen en bra siffra i ett grid men på en enskilld PC så bör antalet kärnor i CPUn sätta gränsen.
--file filename och --out outputname talar om vilka filer som skriptet ska läsa och skriva till.

Om jag uttryckt mig luddigt så är det bara att säga till. Intressant litet skript förresten! Undra om det går att anpassa till annat än genanalys...