Ska inte vara något problem. Jag har gjort samma sak och det har gått bra. Min gamla disk hade Vista, och den behöll jag som den var, på den nya ville jag ha Ubuntu.
Notera att du måste ändra i Bios så att den bootar från rätt ställe (jag fastnade i installation ett par gånger på den lilla detaljen:)). Annars är det är bara att följa installationsanvisningarna i Wikin.
Att det finns två diskar med var sitt OS upptäcker datorn sedan automatisk vid uppstart. Då kan du välja vilket du vill använda, eller strunta i det och då går Ubuntu i gång automatiskt.
Steg nummer två blir då att installera Ubuntu:)
http://ubuntu-se.org/wiki/Installera_Ubuntu_9.04
är en utförligare installationsguide. Notera att länken till Dualboot handlar om att ha två OS på samma disk, så den kan du strunta i.